Der Ort hieß urkundlich 1419 Zelle, lat. cella, das Einsiedlerwohnung oder Mönchsniederlassung bedeutete. Zell war ursprünglich eine Gründung des Klosters Schwarzach, dessen Gebiet bis an die Grenze von Unzhurst reichte. Die Abtei muss schon zu früher Zeit eine Mühle und einen Hof in Zell errichtet haben, um die herum sich im Laufe der Zeit der Weiler bildete.
1435 klagten Abt und Konvent des Klosters Schwarzach beim Konzil zu Basel gegen die Gemeinde Unzhurst, die ihnen das Wasser zur Klostermühle abgegraben hatten. Die meisten urkundlichen Nachrichten über Zell betreffen die Klostermühle.
1596 versetzte das Kloster die jährliche Gült der Mühle dem markgräflich-badischen Rat Johannes Wolf gegen 200 Gulden und 1649 wurde die "Mühle mit Hof und Garten und allen Zugehörungen dem Hans Gußhurst um die Summe von 150 Gulden und eine jährliche Abgabe von 7 Viertel Korn und 4 Kapaunen nebst Leibfall beim Ableben des Besitzers zu einem Erblehen überlassen". (1 Viertel = 135 Pfund) Unter Leibfall verstand man die Abgabe, die beim Tode eines Leibeigenen zu entrichten war und Erblehen bedeutete den Übergang der Rechte an die Nachkommen. Erst mit dem Erlöschen des Geschlechtes fiel das Gut wieder an die Herrschaft, hier das Kloster als Lehensherr, zurück.
Die Mühle war von 1683 - 1883 ununterbrochen im Besitz der Familie Niedhammer. Das Kreuz vor der Zeller Kapelle erinnert an diese Familie. Die Mahlmühle neben der auch noch eine Hanfmühle oder Plauel betrieben wurde war von alters her für die klösterlichen Untertanen eine so genannte Bann- oder Zwangsmühle. Erst 1830 wurde nach einer Eingabe der Gemeinden Zell, Vimbuch, Balzhofen, Oberbruch und Moos an den Großherzog dieser Zwang aufgehoben.
Zell, unter badischer Schirmherrschaft zum Klostergebiet Schwarzach (und zwar zum äußeren oder Vimbucher Stab) gehörend, erhielt erst nach der Aufhebung des Klosters (Säkularisation 1803) einen eigenen Schultheißen (Bürgermeister).
In kirchlicher Hinsicht gehörte Zell ursprünglich (1240) zu Unzhurst. Im 17. Jhdt. hingegen war es eine Filiale von Vimbuch und kam dann 1821 wieder zur Pfarrei Unzhurst zurück. Die Kapelle ist dem hl. Rochus, dem Patron der Pestkranken, geweiht. Die zunächst aus Holz erbaute Kapelle kam 1821 auf ihren jetzigen Platz und wurde 1864 aus Stein neu errichtet. Aus der älteren Kapelle sind noch drei Holzschnitzereien vorhanden: Eine Madonna und zwei Brustbilder, die Christus und den hl. Nikolaus darstellen.